2004 schrieb und inszenierte Fernando Eimbcke sein Spielfilmdebüt «Temporada de Patos», das ausgewählt wurde, an der 43. Internationalen Kritikerwoche der Filmfestspiele von Cannes und an mehr als 90 internationalen Festivals, teilzunehmen. Der Film wurde in den USA durch Alfonso Cuarón und Warner Independent vertrieben.
2008 nahm Eimbcke mit seinem Film «Lake Tahoe» an der Offiziellen Auswahl der Berliner Filmfestspiele teil, wo er den FIPRESCI-Preis gewann. Im Jahr 2013 nahm er mit seinem dritten Film «Club Sandwich» am San Sebastián Festival teil, wo er als bester Regisseur ausgezeichnet wurde. 2016 wurde Fernando Eimbcke vom Berlinale Residency Programme anfänglich für ein Jahr eingeladen, doch aus einem Jahr wurden sechs.